Sur un des plateaux du Jura central qui porte son nom, à 655 m d’altitude, le bourg de Vercel se situe dansun espace bien dégagé, aux ondulations douces. Son territoire s’élève cependant vers l’est jusqu’à l’anticlinal de la Léchère, à 826 mètres d’altitude, où les sapins ont largement pris le dessus. Le sous-sol est constitué surtout des calcaires blancs Séquanien.

Le site de Vercel est habité depuis des temps très anciens, antérieurs à la période gallo-romaine. Il deviendra un bourg fortifié, avec son château.
La première mention du château est faite au XI e siècle : ce n’est alors qu’un simple édifice en bois au centre d’un bourg protégé par un fossé et des palissades.
En 1265, le château est attesté comme étant « une maison forte de pierres », située entre les fossés de VERCEIX. L’enceinte protégée représente environ 4.5 ha.
Quoique peu étendu, l’ensemble des bâtiments, avec ses tours (Mouchat, Malvoisin), avec sa porte à pont-levis donne une impression de sécurité et de puissance.

Cinq grandes maisons se succédèrent à la tête de la seigneurie : les de Montfaucon, les de Neuchatel (Suisse), la maison d’Autriche, les de Peloux et enfin la Bastie de Saint- André.
Il y eu une famille noble portant le nom de : de Vercel mais curieusement, celle-ci ne posséda jamais la seigneurie. Ses membres occupèrent toutefois des fonctions non négligeables dans le Comté.

Le château de Vercel fut pris par les français en 1595. Le 17 janvier 1639, les Suédois de Bernard de Saxe- Weimar incendièrent à nouveau le château puis l’église Sainte- Agathe, la chapelle Saint- Eloi et presque toutes les maisons. Il fallut plus de 40 ans pour reconstruire église et habitations.

A l’époque féodale, Vercel devint également un lieu de commerce et d’échanges très important avec ses nombreuses foires et un pain d’épice réputé.
Les foires influencèrent largement la spécification de l’élevage bovin à Vercel et dans les villages environnants.

La forêt communale a toujours été une source importante de revenu. Outre les besoins du chauffage, une partie de son bois était transformée en charbon pour alimentation des usines de Creuse, Lods et Vuillafans. En plus des sabotiers travaillaient dans les forêts seigneuriales et écoulaient leurs produits sur Besançon et Ornans.
Aux fourches, lieu-dit où la tradition place le gibet antique, une tuilerie produisait en 1858 : 200 000 tuiles et 25m3 de chaux par an.
Un fourneau à fondre le minerai de fer avait été autorisé par le comte de Vercel en 1731, au lieu-dit « le Cubilot ».
Sur le ruisseau du Terreau, où avait été aménagé un petit étang, un martinet travaillait pour la maréchalerie en 1848 et une tannerie se maintint jusque vers 1910.
Le ruisseau de Goux alimentait à Vercel en 1848 le moulin du Pontot, devenu moulin des Prés, ses attributs consistaient à actionner une meule à écraser le grain, une machine à battre, 2 scieries et une tannerie. Tout travail y cessa vers 1930.

Vercel, comme tous les villages ruraux, est sorti très affaibli des deux grands conflits mondiaux qui emportèrent en partie ses forces vives.
La mécanisation et l’exode rural sont autant d’éléments qui contribuèrent également à la chute démographique constatée au cours de la première moitié du XX ème siècle.

En 110 ans, de 1845 à 1955, Vercel est passé de 1 250 à 873 habitants, perdant 377 habitants.

Comparaison (extrême) Sochaux en 1846 comptait 165 habitants et en 1954 : 5 800.

Vercel, durant cette période, conserva malgré tout une activité artisanale et commerciale non négligeable.

Avec plus de 1 600 habitants, Vercel demeure un bourg- centre attractif avec des entreprises performantes, de nombreux commerces et services de proximité, des écoles, des infrastructures sportives et de nombreuses associations.